La ampliación de San Sebastián se hizo el 19 de agosto de 1552. Ese mismo año el Emperador Carlos V obsequió a la ciudad la imagen de N. Señora del Pilar de Zaragoza, para que se venere como patrona de todo el Corregimiento. Esa imagen ha sido colocada en el altar del Templo y se conserva hasta hoy bajo la advocación de N. Señora de la Asunta.
San Sebastián ha soportado frecuentes siniestros: destruido en 1781 por los indios que asediaron la ciudad, fue reconstruido al año siguiente; el 21 de enero de 1816 se derrumbó una parte de la pared; en 1872 se desplomaron las paredes que debían sostener un camarín; en 1885 un incendió dejó en escombros el templo. En noviembre del 2005 se desmorono la parte de la cúpula y parte del crucero, a pesar de ese colapso aun se mantiene en pie esperando que Jesucristo haga un milagro de reconstruir el templo. En 1930 por decreto de Estado el templo fue declarado patrimonio religioso y arquitectónico de La Paz.
La parroquia de San Sebastián cumple su labor de evangelización y ejecuta el plan pastoral de la Arquidiócesis. Atiende todos los sacramentos que ofrece la Iglesia Católica a feligreses de toda la ciudad, privilegiando a sectores populares de la ciudad de El Alto, Es conocida la creencia de que las parejas que se casan en el templo de San Sebastián duran toda la vida y que los niños que se bautizan son buenos hijos. A pesar del estado del templo esta viva la FE en Cristo y la Virgen Maria, de lo cual dan testimonio la feligresía y los grupos que se acogen a su amparo como son: San Judas Tadeo, grupo juvenil y de monaguillos, Legión de Maria y comunidades del camino neocatecumenal, todos apoyados por los sacerdotes: Rev. Vitaliano Calcina y Guillermo Peralta.
Por David Mendoza Salazar del consejo parroquial de San Sebastián